I cavalieri dell'ordine religioso presero il nome di "Cavalieri di Malta" e nel 1565 contrastarono l'assedio di Malta da parte dell'Impero ottomano, riuscendo a vincere e a mantenere l'ordine nell'isola. Dopo questo assedio, i Cavalieri decisero di fortificare l'isola e per la progettazione si affidarono all'architetto militare Evangelista Menga, mentre le fortificazioni di La Valletta furono opera di Francesco Laparelli. Ulteriori fortificazioni furono avviate a partire dal 1723, quando il Gran maestro António Manoel de Vilhena ne affidò la progettazione a Giuseppe Merenda.

 

Il dominio dei Cavalieri finì nel 1798, quando Malta venne occupata dalle truppe francesi di Napoleone, che si stava dirigendo in Egitto per incominciare l'omonima campagna militare. Autorizzato in precedenza dal Direttorio a occupare Malta, Napoleone chiese un porto sicuro per rifornire le sue navi e, dopo il rifiuto da parte del governo locale a che più di quattro navi francesi attraccassero contemporaneamente nel Porto Grande, egli fece sbarcare il proprio esercito (11 giugno). Il Gran maestro dei Cavalieri Ospitalieri Ferdinand von Hompesch zu Bolheim capitolò dopo un solo giorno di combattimenti intorno a La Valletta: i Cavalieri furono poco decisi nel condurre la difesa, non potendo per statuto prendere le armi contro altri cristiani, perché circa 200 di loro su 400 erano francesi e avendo solo 3000 soldati contro 15 000. Dopo l'onorevole accordo di resa del 12 giugno, Napoleone si stabilì per pochi giorni sull'isola, saccheggiando i beni dell'Ordine e riorganizzandola con un'amministrazione fedele. Poi, il 19 partì alla volta dell'Egitto, lasciando sul posto una guarnigione di 3 000 soldati al comando del generale Vaubois.

 

Gli occupanti francesi erano impopolari, soprattutto per la loro avversione alla religione e le rapine alla Chiesa, per cui i maltesi ben presto (2 settembre) si ribellarono, costringendo la guarnigione a ritirarsi nelle sue fortificazioni. La Gran Bretagna, il Portogallo e il Regno di Sicilia mandarono munizioni e aiuti ai ribelli, i quali, intanto, avevano liberato Gozo, che restò al Regno siciliano fino al 1801.

 

La Royal Navy pose l'embargo all'isola per due anni, finché, il 5 settembre 1800, i francesi, stremati, si arresero alla Gran Bretagna. Gozo, benché ancora feudo del Regno siciliano, divenne un protettorato britannico, nonostante le rimostranze dei Borbone, che rivendicavano la sovranità sull'isola.